Вы толщину панели с клавиатуры вводите? И высоту цилиндра тоже? Привязки при расстановке используете? Скрины приложить можете?

на все вопросы утвердительный ответ. Вот скрины.

Добавлено:
Посыпаю голову пеплом... Вероятно в момент создания модели, произошло смещение на малый градус и все модели вычитаются косо. Протестировал с вновь созданным цилиндром. Все хорошо работает... Спасибо